Магическая система - пожалуй, самая устойчивая часть серии TES. В Morrowind мы увидим практически все то, что было в Daggerfall, разве что все эффекты Thaumaturgy перекочевали под крыло Alteration, да появилась школа Conjuration с новыми возможностями для вызова монстров... Уровень магии (magicka) зависит от интеллекта персонажа и дополнительного множителя. Каждое заклинание требует определенное количество единиц магии - в зависимости от навыка владения магическими эффектами соответствующей школы.

Магическая энергия персонажа восполняется при отдыхе, принятии соответствующих зелий или при впитывании атак противника (эффект Spell Absorption).