Бой в Morrowind протекает в реальном времени. Удар производится с помощью кнопки мыши, только теперь (в отличии от Daggerfall) тип удара зависит не от направления движения мышкой, а от нажатия клавиш перемещения. Обычный рубящий удар (chop) производится просто по нажатию кнопки мыши, колющий удар (thrust) получается при одновременном нажатии кнопки мыши и клавиши "вперед", удар сплеча (slash) производится с помощью клавиш "вправо" и "влево". Для каждого вида оружия определена сила удара для всех трех его типов; например, копье пригодно только для уколов, тогда как топор - для рубящих ударов. Чем больше игрок удерживает кнопку удара, тем сильнее удар получается. В опциях есть возможность включения автоматического выбора типа атаки - в таком режиме герой всегда будет использовать самый выгодный для данного оружия тип удара.

В Morrowind используется зонная система повреждений - список зон приведен ниже с указанием соответствующей части доспехов:

- голова (helmet - шлем)
- плечи, правое и левое (pauldrons - наплечники)
- руки, правая и левая (bracers - нарукавники)
- кисти рук (gauntlets - латные рукавицы)
- грудь (cuirass - грудная часть доспеха)
- ноги (greaves - поножи)
- ступни ног (boots - обычная обувь или часть доспеха)

При попадании часть тела, куда приходится удар, выбирается случайно. Если удар приходится в часть тела, защищенную доспехом, эта часть доспеха берет на себя некоторую часть удара в зависимости от типа брони, при этом повышается степень износа этой части.

Шанс "to hit" (то есть проверка на сам факт попадания) определяется навыком обращения с данным типом оружия у нападающего и навыка блокирования у защищающегося (если он пользуется щитом); если удар прошел, его сила определяется соответствующей характеристикой персонажа (strength), временем удержания кнопки удара и классом защиты (AC) защищающегося. Как и во всех остальных случаях, также учитываются активные на данный момент модификаторы (например, действующие магические эффекты), удача персонажа и т.д.

Именно во время боя персонаж быстрее всего устает; если его запас сил (fatigue) истощился, он начинает все реже попадать по противнику.